导致打疫苗后遗症的原因有可能是对疫苗不良反应受害者的补偿救助机制封闭滞后，陷入“大闹大解决，小脑小解决，不闹不解决”的怪圈。
中国是疫苗的最大消费国，但是很多人在注射疫苗时还是沿用三十年前的生产技术，所以由于技术不够先进，最终导致打疫苗后遗症。
打疫苗后遗症的原因有可能是由于疫苗冷链保存与运输中存在隐患，规范执行不到位，疫苗变质风险极大。
科研机制急功近利，免疫学人才留不住也是打疫苗后遗症的重要原因之一。
对于疫苗不良反应的鉴定工作做的不够到位，由于目前我国现行的有关规定让疾控机构“既当运动员又当裁判员”。所以这也是导致打疫苗后遗症的重要因素之一。
一类疫苗市场基本由6生物制品研究所和中国生物技术集团垄断，根本没有优胜劣汰的促进机制，所以最终导致打疫苗后遗症。